Автор около 500 книг и статей. Вот основные.
1. "Козма Пресвитер в славянских литературах.” Под редакцией Д. С.Лихачёва и П.Н. Динекова. (Монография с изданием текстов).
2. “Слово о погибели Русской земли.” Перевод примечания. "Кто с мечом." Три произведения древнерусской литературы ХIII-ХVвеков. Перевод с древне-русского. Консультант Д.С.Лихачев. Составитель А. Д. Шмаринов. М. Молодая гвардия, 1974. С.35-39.
3. “За землю Русскую!” Памятники литературы Древней Руси ХI-ХVв в. Составление, вступительная статья, комментарий и подбор миниатюр Ю. К. Бегунова. Художник Владимир Носков. (Хрестоматия). “Молодая гвардия”. М., 1983.№10.С. 283-287
4. “Путешествие из Петербурга в Москву” А.Н. Радищева. Книга для учащихся. О методике изучения жизни и творчества Радищева. в школе. (Монография) М. Просвещение, 1983, 96 с
5. “Россия Героическая.” Рассказы русских летописей и воинские повести ХIV-ХVI веков. Художник-составитель А. Д. Шмаринов. Переводы, предисловие, комментарии Ю. К. Бегунова. (Хрестоматия). Переводы и комментарии к повестям о нашествии хана Тохтамыша на Москву (с.35-43, 145-147), о приходе Темир - Аксака (с.45-51,148-150), о нашествии Едигея на Москву (с.53-59,151-152), о стоянии на Угре (с.61-67,153-155), об обороне Опочки (с. 69-71. 156-157), Казанская история (с. 73-99,158-163), о многочудесной победе над ливонскими немцами (с. 101-107, 164-167), о бое московских воевод с неверным царем (с. 109-111, 168-169), о приходе литовского короля Стефана (с. 113-143, 170-174). М. Молодая гвардия, 1988. 176 с.илл.
6. “Князь Александр Невский и его эпоха.” Исследования и материалы. Под ред. Ю. К. Бегунова и А. Н. Кирпичникова. (Сборник статей). СПб.:Д. Буланин, 1995.215 с 40 илл., табл.
7. “Тайные силы в истории России.” Сборник статей и документов. 5 изданий (Монография). 1995-2005.
8. "Правда о суде над Иосифом Бродским." С предисловием А.М.Сушко. “Когда поэта нет в живых.” (Монография). СПб.:изд-во Союза писателей России им. А. С. Суворина, 1996. 36 с., Колпица
9. “Сказания Великого Новгорода, записанные Александром Артыновым.” Составление, предисловие и комментарии Ю. К. Бегунова. Под редакцией К.Д. ван Схонефельда. (Монография) Женева, М., Буй-Тур, “Менеджер”, 2000.320 с
10. "Григорий Цамблак" Монография, София, Болгария, 2000
11. “Сказания Ростова Великого Новгорода, записанные Александром Артыновым.” Составление, предисловие и комментарии Ю. К. Бегунова. Под редакцией К. Д. ван Схонефельда. (Монография) Женева, М., Буй - Тур, “Менеджер”, 2000.320 с
12. “Александр Невский”, Монография, 2004
13. “История Руси” в 5 томах, том 1, “Политехника , 2007, 604 стр.”,
14. т.2- 2012 г. 620 стр., "Политехника",
15. т.3 "Контраст", 431 стр., 2014 г.
16. «Будинский изборник IX - XIV в.в.»: «Арамейская библия» и «Аскольдова летопись»., СПб.: «Искусство России». 2013г.